Тут уже была тема про реорганизацию, но она закрыта. Было две разные базы, с помощью Выгрузки и загрузки данных XML мы скопировали сотрудников вместе с начислениями, отпусками. Запись ЭТК с Переименованием тоже попробовал сделать(пока тестирую). Но у меня в база две организации, новые сотрудники остались в старой, хоть и перенесенной в новую базу, организации. Как их перевести в новую организацию.

Здравствуйте, уволить из старой организации и принять в новую.

Я так понимаю, только в программе мы это сделаем, потому что юридически они автоматом переходят.

А если старое учреждение пометить на удаление? При удалении помеченных объектов спросит удалить или перенести на другую организацию
Или корректировкой данных (групповое изменение реквизитов) заменить организацию в документах?

В документах Прием и Увольнение не ставите флаг "формировать запись ЭТК". 

Хорошо. Попробуем

Мы делали свертку в базе ликвидированного учреждения, затем переносили документы входящего сальдо, затем заменили и удалили учреждение. Увольнение не делали, поскольку фактически его не было, все права на отпуска и базы для расчета сохранились

На тестовой базе попробовал замену учреждения, но у некоторых сотрудников нормально не изменилось и вместо учреждения стоит "Объект не найден". Сначала выгрузку и загрузку сделали просто, без свертки. Тоже думаем, что если уволить и принять, то база для отпуска поменяется.

Добрый день.
При реорганизации, сотрудника нужно уволить и принять в другую организацию, для Записи ЭТК воспользоваться документом Запись ЭТК с мероприятием Переименование.
Документ Прием формировать текущей датой, а дату приема устанавливать в зависимости от ситуации (как велся учет).
В ситуации, когда велся многофирменный учет и обе организации в данной базе, дату приема установить текущую (дата реорганизации), затем воспользоваться документом Входящее сальдо с настройкой Реорганизация. Тогда будет средний для заработка и дни отпуска останутся у сотрудника.
Если учет велся в разных базах, тогда дату приема установить "реальной", т.е. когда сотрудник был принят на работу. Тогда сохранится период и кол-во дней отпуска. Данные из документа входящее сальдо будут применены при расчете по среднему.

мы сначала пробовали просто удалением с переименованием организации, но ндфл что-то неправильно считает. теперь сделали увольнение и прием. но с входящим сальдо не разобрались. по вычетам остатки тоже будут?

Добрый день.
Вычеты нужно будет назначить в новой организации сотруднику.
При необходимости обращайтесь на Линию консультации.