У сотрудника счет открыт в Сбере, у фирмы расчетный счет в ВТБ. При формировании Выплаты сотрудник со Сбером не попадает в документ...

Добрый день. Когда оформляете выплату по банку, программа выберет только тех работников, у кого есть счёт в этом банке.
 

Понятно, а как тогда выплачивать зарплату сотруднику, у кого счет в другом банке?

Есть возможность заполнения мультиреестра. Для этого в расчетном счете организации должен быть указан формат выгрузки ВТБ24 txt (версия 2). В лицевом счете сотрудника появится дополнительное поле БИК, в которое заполняете БИК Сбербанка, а в поле банк указываете банк ВТБ. Тогда сотрудник будет подбираться в общую выплату по банку ВТБ. Предварительно уточните в банке есть ли возможность перечисления в другой банк.