Сабж, и налоги тоже вдвойне, при том для несчастных случаев нормально считает, в чем может быть трабла ?

Возможно не проведен какой-либо документ Конец месяца, или вносились изменения по начислениям, а документ Конец месяца не пересчитали.
Сформируйте Свод отчислений и налогов помесячно с переключателем "расчет + проводки" "только расхождения", обратите внимание на колонку "разница".Она не должна быть заполнена.